موزه مخصوص قسمتی از حوضخانه تالار سلام ( تاجگذاری ) می باشد که در سال 1291 ه.ق/ 1253 ه.ش ( همزمان با ساخت و سازهای ضلع شمال غربی کاخ گلستان که در حقیقت ناشی از عزم ناصرالدین شاه قاجار در جهت ایجادتغییراتی در ارگ سلطنتی بعد از بازگشت از سفر اول فرنگستان ) ساخته شد معماری این بنا توسط حاج ابوالحسن معمار نوائی صورت پذیرفت او در ابتدا زیر دست محمد حسن خان صنیع الدوله در باغها و کاخ های سلطنتی کار می کرد و به علت استعداد و حسن خدمت و طرح و ایجاد برخی بناهای جالب از جمله طرح و اجرای تالار سلام و آینه در سال 1300 ه.ق ( 1262 ه.ش ) و در عهد ناصرالدین شاه معمار باشی دربار شد و سپس به لقب صنیع الملکی مفتخر گردید.
مباشرت بنائی این موزه را میرزا یحیی خان معتمد الملک ( وزیر بنائی )بعهده داشته وی برادر میرزا حسین خان سپه سالار ( صدر اعظم ناصرالدین شاه ) و داماد شاه ( شوهر عزه الدوله خواهر ناصرالدین شاه ) بوده است . این بنا در زمان پهلوی دوم دستخوش تغییراتی شد و دیوارها و سقف آن به طرز بسیار زیبائی دارای تزئینات گچبری گردید و ازآن پس عنوان موزه مخصوص را به خود گرفت.اشیاء موجود در این موزه از نفیس ترین آثار به جای مانده از شاهان قاجار می باشد- که بخشی از این اشیا ء جزء مجموعه آثاری بوده اند که روزگاری در اتاق موزه ناصرالدین شاه قرار داشته اند - که یا از دوره های پیش به دست آنان رسیده و یا از طرف پادشاهان و هنرمندان هم عصر خویش به به ایشان هدیه شده و یا توسط خودشان و یا اطرافیانشان خریداری گردیده است.
این موزه در تاریخ 28 اردیبهشت ماه 1388 برای بازدید عموم بازگشائی شد.